Após mais pesquisas, encontrei relatório de erros que indica que uma possível correção foi adicionada em 2012, embora a questão não seja considerada devidamente resolvida.
Em qualquer caso, a solução passa a ser os comandos:
xrandr --output HDMI-1 --set underscan on
xrandr --output HDMI-1 --set "underscan hborder" 54 --set "underscan vborder" 51
Obviamente, os números podem precisar de ajustes por tentativa e erro.
Pelo menos as bordas da minha área de trabalho não estão mais cortadas!