O script de limpeza pode ser parecido com
sed -i '/^# DO NOT EDIT.*\|^# (.*/d' /tmp/crontab.user
porque sua versão do cron, pelo menos, coloca # DO NOT EDIT
e # (
na parte do cabeçalho e você nunca usa coisas que começam assim em qualquer código gerenciado (e, se alguém fizer isso, elas vão se arrepender) )