Recebi o mesmo erro depois de compilar o Qt para um dispositivo iMX6. Eu normalmente corri um script de compilação do diretório de compilação, e meu script assumiu isso, mas desta vez eu esqueci, e a compilação aconteceu no meu diretório ~/dev de nível superior. De alguma forma (eu não tenho idéia de como), isso afetou minha compilação de área de trabalho regular do Qt, de modo que qualquer projeto que eu construísse com essa compilação de área de trabalho seria de alguma forma afetado pela compilação embutida extraviada.
A correção foi remover os diretórios embutidos extraviados (e adicionar uma etapa cd $qtBuildDir extra ao meu script de compilação;)).