Para 3 arquivos, cada um com 3 colunas, você pode usar algo como:
pr -m -t -s file1 file2 file3|awk '{printf("%s\t%s\t%s\n",$2,$5,$8)}'
Você também pode invólucros com algo que contaria o número de arquivos e campos por arquivo, mas isso deve dar a você um começo.