Você escreveu:
- I can boot Windows if I unplug my SSD
Então, pergunto-me se grub
é usado como bootloader? Se for assim, você terá que trocar seus discos em grub
configuration:
If you have installed DOS (or Windows) on a non-first hard disk, you have to use the disk swapping technique, because that OS cannot boot from any disks but the first one. The workaround used in GRUB is the command drivemap (see drivemap), like this:
drivemap -s (hd0) (hd1)
Mais detalhes no link
Veja também O Windows não inicializa a partir do hd1 .