Como uma pequena solução, encontrei a opção Window Rules em CompizConfig-Settings-Manager , onde coloquei xfce4-terminal (que geralmente não uso e instalei apenas para esse propósito) em "Non Closable Windows".
Agora posso iniciar scripts de shell usando xfce4-terminal para executar comandos
xfce4-terminal -e "command you want to run"
que não deve ser terminado clicando acidentalmente no botão Fechar por usuários inexperientes.