Acho que a maneira mais fácil é instalar uma ferramenta de linha de comando baseada em ncurses chamada sysv-rc-conf:
sudo apt-get install sysv-rc-conf
execute-o como superusuário:
sudo sysv-rc-conf
E desmarque todas as caixas em cada nível de execução na linha mysql. Exemplo de tela do programa colado abaixo: