Por que a data “modificada” não muda quando um arquivo é modificado?

Question

Eu tenho um arquivo com uma data modificada em janeiro de 2012. Isso está errado, porque sei que o conteúdo foi modificado desde então.

Tenho certeza de que o arquivo foi modificado por meio de um script PHP em algum momento de outubro de 2015.

Por que a data "modificada" não muda quando o arquivo é modificado? Está relacionado a alguma configuração do kernel ou está relacionado ao PHP?

Editar: O disco está montado em /etc/fstab da seguinte forma:

/dev/mapper/something /               ext4    errors=remount-ro 0       1

Quando executo mount , vejo algumas coisas montadas em /proc , /sys , /dev , /run e /boot , mas o arquivo é salvo em /var/www/mysite/myfile.php , por isso deve ser a linha no fstab que é relevante.