eu tenho Ubuntu 13.10 e em alguns aplicativos (transmissão, Gimp) é menu visível, mas todos os itens desabilitados, ainda posso acessar as funções com o HUD, mas o menu simplesmente não funciona.
Eu tenho muitos PPAs adicionados, o que poderia causar isso?
Com o GIMP, acho que é apenas um bug. Talvez o mesmo com Transmissão. Para corrigir o GIMP, exclua (ou renomeie-o, se desejar, como backup) a pasta .gimp no seu diretório pessoal (pressione Ctrl + H para alternar as pastas ocultas). Isso redefine os dados do usuário do GIMP (configurações, não arquivos criados usando-os) e deve corrigir o problema. Quando ele for iniciado, ele recriará essa pasta.
Acho que tem a ver com o menu de aplicativos globais. Eu tenho o mesmo problema agora. Dê uma olhada em menu Unity de alguns apps trabalho (Ubuntu 13.10)