Acontece que houve um bug nos meus scripts de pré / pós instalação / desinstalação, o que fez com que as coisas fossem removidas nos momentos errados.
Veja, por exemplo, this :
rm -fr "/usr/src/$dkms_name-$dkms_version"
O hook prerm do Debian é chamado durante as atualizações do pacote também, então parece que este script estava removendo meu diretório fonte durante a instalação.