Primeiro, verifique em ~/.fluxbox/init se o arquivo de aplicativos está configurado corretamente:
session.appsFile: ~/.fluxbox/apps
Em seguida, xprop realmente fornece a você o nome da string bibek@Arch:~ ? (primeira string do campo WM_CLASS )
Melhor tentar sem isso. Então temos em ~/.fluxbox/apps :
[group] (workspace=[current])
[app] (class=Gnome-terminal)
[end]
Isso está funcionando no Fluxbox 1.3.5.