Se o botão WiFi já funcionou no Ubuntu e Kali, pode ser que o suporte para o botão tenha sido incluído no kernel (supondo que o kernel do Ubuntu / Kali fosse uma versão atualizada do que atualmente no Qubes). Neste caso, uma atualização para o Qubes 3.1 poderia fazer o truque.
Também pode ser que um determinado pacote Debian no Ubuntu / Kali tenha suportado o botão. Se você pudesse descobrir qual pacote (s) (se algum) era responsável, você poderia instalá-los no seu modelo Debian no Qubes e então basear seu NetVM neste template.