Você poderia tentar
sudo dpkg-reconfigure transmission-gtk
E, se isso não ajudar, remova-o completamente e reinstale:
sudo apt-get purge transmission-gtk && sudo apt-get install transmission-gtk
Isso também pode ser causado por algo nas configurações do usuário. Tente renomear o diretório de configuração da transmissão:
mv ~/.config/transmission/ ~/.config/transmission.old