Bem, no Windows 8, você tornou todos os arquivos visíveis? Arquivos ocultos?
Também pode ser devido ao mau manuseio no lado do Linux ou má interpretação do Win 8, então seria mais seguro usar o FAT32, como no USB-stick, pois o Linux está lidando com isso perfeitamente e mais facilmente que as diferentes versões do NTFS.
Espero que meu conhecimento limitado de software do Linux, mas um pouco melhor no Windows, valha a pena para você ... 3)