Para uma correção rápida e rápida, você pode fazer algo como:
# type java
java is /usr/bin/java
# mv /usr/bin/java{,.real}
# cat >>/usr/bin/java <<'EOF'
#!/bin/sh
exec java.real -Dsun.java2d.opengl=true "$@"
EOF
chmod +x /usr/bin/java
Isso substitui seu executável java por um shell script que chama o real, com seus argumentos, exceto com essa configuração prefixada.