Você ainda pode. Mas não com a mesma capacidade que você costumava fazer. Tantas coisas, como o Painel do GNOME, como você mencionou, foram embrulhadas no shell do GNOME; sem a capacidade de removê-los. Os aplicativos claramente independentes ainda podem ser usados como tal. Percorrendo a lista na minha máquina Debian eu vi muitos deles:
Calculadora, jogos, Comandante GNOME, Terminal, Mapas, GTK mplayer, "Multi-Writer", música, acessibilidade (Orca), Paint, Power Manager (não tenho certeza se este é autônomo), PPP, RDP, Screensaver, GDM, Gsudo, Weather, front-end do GTK Network Manager, gtk gVim.
Isso só arranha a superfície. Navegue pelos repositórios da sua distribuição ou pelo código fonte para se compilar.