Não tenho certeza se você pode alterar o nome de todos os arquivos binários durante a compilação ... mas minha sugestão seria compilar o programa no diretório em que ele veio, mover o diretório inteiro para /usr/src
e criar um arquivo simbólico link para o binário principal em /usr/bin
.
ln -s /usr/src/clang-3.5/bin/clang /usr/bin/clang-3.5
Dessa forma, você pode ter várias versões de programas diferentes e não se preocupar com as bibliotecas antigas e outros arquivos, que serão sobrescritos ao instalá-los.