Você precisa criar um script de inicialização para o minecraft. O wiki do ofício de mina lhe diz como fazer isso: link
Basicamente, você coloca um arquivo de configuração (fornecido nessa página) em / etc / init /. Também sugeriu que você cria um novo usuário de 'minecraft' para que o servidor de minecraft seja executado como esse usuário, e não como root.
No que diz respeito à reinicialização, você deve reiniciar o Ubuntu com freqüência. Meus computadores Ubuntu (em casa e no trabalho) geralmente ficam por um mês ou mais entre as reinicializações. Você provavelmente não quer automatizar as reinicializações, porque pode reinicializar enquanto estiver fazendo algo no computador.