Você quer dizer que você quer que uma opção específica seja sempre verdadeira para o lançador .desktop, ou você quer que apareça algum tipo de caixa de diálogo que lhe permitirá inserir opções quando você precisar?
Eu assumo o primeiro, em cujo caso basta adicionar as opções à sua linha Exec
:
Exec=python /path/to/tboplayer/tboplayer.py --foo "%F"