De acordo com a página de manual
Users can create a list of windows to launch at startup in
$BYOBU_CONFIG_DIR/windowsand$BYOBU_CONFIG_DIR/windows.tmux. This file is the same syntax as~/.screenrcand~/.tmuxrc, each line specifying a window, as described inscreen(1)ortmux(1)
O caractere de comentário padrão em um arquivo de configuração tmux é # . Qualquer coisa depois de um # é ignorado.
# Set the default keybindings
set -g prefix C-a
unbind-key C-b
bind C-a send-prefix
...