Meu palpite é que o problema é que você está instalando pacotes fora do apt (apt-get). Use pacotes do Ubuntu (ppa se possível) ou se você estiver compilando pacotes, enquanto compila, use ./configure --help
e especifique um caminho de biblioteca como parte de sua configuração.
Veja também:
Do segundo link:
CFLAGS="-I/path/to/your/headers" LDFLAGS="-L/path/to/your/lib" ./configure --blah
Se você precisar de mais ajuda, terá que ser mais específico em relação a "algum programa que está procurando por uma biblioteca e não consegue encontrá-la" - Que programa? Como você instalou? etc.
Para definir seu ambiente java, edite ~/.pam_environment
, add:
export JAVA_HOME=/usr/java/<your version of java>
export PATH=${PATH}:${JAVA_HOME}/bin
Para todos os usuários (sistema), edite /etc/environment
Veja também: link