Bem existem processos em execução no seu terminal antes de você se tornar root - sudo (ou su ) e dois bash (um para raiz, um para seu usuário normal) ... bem como quaisquer trabalhos em segundo plano (iniciados com & ou colocados em segundo plano) em qualquer shell. É um aviso justo, e é bom se você está prestes a fechar acidentalmente um terminal.
Se você exit root primeiro (o que deveria), você não recebe o aviso. Melhor ainda, se você também exit o shell para seu usuário normal. Apenas fechar o terminal não apenas arrisca matar alguns processos em execução dos quais você esqueceu, como também evita que o shell ( bash ) salve coisas como o histórico de comandos.