Mesmo que esta pergunta tenha sido feita no ano passado por mim, quero jogar meus 2 centavos. Recentemente, tive a chance de executar meu programa em duas distribuições diferentes do Linux e notei que meu programa agia da mesma maneira - abrindo outras janelas clicando em um botão que escurecia a tela principal. E se você abrir novamente outra janela a partir desta janela, sua janela pai também será desativada. No entanto, quando você fecha essas janelas, as janelas escurecidas não se tornam normais, e sim aleatórias ou imprevisíveis. Isso me incomodou muito. Então, descobri o porquê. Isso ocorre devido a EFEITOS DO WINDOWS (Configurações do Sistema - > Aparência do Windows). Desabilitei todas as OPÇÕES DE EFEITO DO WINDOWS e agora ele não escurece as janelas. Além disso, parece mais limpo. Eu respondi minha própria pergunta para ajudar qualquer um que possa se deparar com esse problema.