Estou enfrentando o mesmo problema na inicialização dupla do kali-win 10. A raiz do problema parece ser o Gerenciador de Inicialização do Windows, que exclui a partição EFI do grub em sua unidade durante a inicialização.
Link para minha pergunta: Kali Linux está instalado, mas não está aparecendo no gerenciador de inicialização
Uma solução pode ser instalar o sistema operacional na opção Legacy Boot.