chroot não resolve o seu problema. De fato, o chroot fará com que você rode este programa como se estivesse no próprio Ubuntu e não no Fedora. Você precisará de uma configuração complicada para fazê-los acessar seu sistema de arquivos fora do chroot. chroot é mais destinado ao isolamento.
Uma boa solução para o seu problema é apenas usar variáveis de ambiente. Talvez um pequeno script bash que define seu caminho para o local do Ubuntu e também altere o LD_LIBRARY_PATH pode funcionar.
Por exemplo, algo como:
#!/bin/bash
export PATH=PATH_TO_UBUNTU_BIN:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=PATH_TO_UBUNTU_LIB:$LD_LIBRARY_PATH
acroread
onde PATH_TO_UBUNTU_BIN e PATH_TO_UBUNTU_LIB devem ser os caminhos para seu bin do Ubuntu (como / bin e / usr / local / bin ou onde quer que seu acroread reside) e PATH_TO_UBUNTU_LIB é o caminho para o diretório de bibliotecas compartilhadas do Ubuntu (como / lib ou / lib64) .