Tente adicionar sinalizadores de compilador para configurar o script, para que eles sejam propagados para todos os arquivos Makefile.
./configure CFLAGS="-I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/glib-2.0/include" CXXFLAGS="-I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib/glib-2.0/include" LDFLAGS="-lglib-2.0 -lintl -lpcre -lintl -liconv -lpcre"