Se você acredita que é apenas um problema de carregamento, talvez seja necessário configurar limits.conf ou colocá-lo em um cgroup e limitar os recursos de forma que sempre haja uma boa quantidade de memória e cpu disponíveis em um determinado ponto no tempo. Isso diminuirá a indexação (o que provavelmente terminaria por conta própria, mesmo com um blecaute), mas a VM deve permanecer utilizável nesse meio tempo.
Eu também verificaria nos relatórios logs e sar que, na verdade, é porque o indexador está sufocando o sistema.