Resposta curta: ajuste também /etc/profile (e /etc/sudoers cuidadosamente)
Resposta longa: a variável PATH é definida em vários lugares.
De acordo com o login.defs (5) , somente su o usa.
O sudo tem sua própria definição de PATH segura em /etc/sudoers (variável secure_path=... )
A maioria dos shell Unix vai ler /etc/profile e ~/.profile . No Debian, este arquivo é usado para definir o PATH do shell de login. Bash também lê ~/.bash_profile , ~/.bash_login .
... e provavelmente mais (execute grep '\<PATH\>' /etc/ -R )