IMHO não é possível via arquivos de configuração porque isso, como você diz, afetaria todas as tarefas do cron para o usuário.
No entanto, é possível redirecionar com força apenas a saída stdout ou stdout e stderr de tarefas cron específicas como esta:
* * * * * cron_cmdline_job1 >> /<path>/cron_job1.stdout.log
* * * * * cron_cmdline_job2 >>& /<path>/cron_job2.stdout_stderr.log
A vantagem de redirecionar apenas stdout seria que você receberia imediatamente e enviaria um e-mail com o conteúdo stderr quando o job terminasse (se essa for sua preferência, também pode ser visto como uma desvantagem).
Se esses registros não forem de interesse, você poderá direcionar para / dev / null , é claro.