O arquivo /etc/my.cnf seria parte do pacote mysql-libs , ou mariadb-libs , dependendo da versão (não algo chamado "pacote" ). Uma verificação no pacote que mostrará se está faltando, por exemplo,
$ rpm -V mysql-libs
missing c /etc/my.cnf
Aliás, a verificação mostra que é um arquivo de configuração.
Leitura adicional (os arquivos contidos no pacote estão listados, para referência):
- Pacote RHEL7 (mariadb-libs)
- Pacote RHEL6 (mysql-libs)