Para mim, parece um caso para o rsync; lá você pode apenas retomar o processo de cópia caso ele seja interrompido ou você precise reinicializar entre si ou o que causar uma interrupção.
rsync -avz -r --stats --progress --perms --links /windows/files/ /home/user/migrated/
O processo de cópia em si é um pouco mais lento, deve-se mencionar.
Mais exemplos: link