Com base nas informações atualizadas, dois projetos em um repositório, em diferentes árvores de diretórios:
Tenha dois repositórios. Deve haver pouco ou nenhum custo adicional, certamente para uma abordagem de curto prazo (< 30 dias). Vamos fazer o que é bom e simplesmente funciona - repo com os usuários e não tente juntá-los. Você desperdiçará tempo e esforço para gastar em outras coisas.