Este é um problema causado pelo Vim. O Vim apaga os arquivos antes de escrever o novo arquivo. Isto contrasta com p. Emacs (e o editor WingIDE) eu uso.
Tenho notado isso com um pequeno utilitário Python que eu executo ao testar um novo código: ele roda para ver se alguma lista de arquivos foi alterada com base em seus registros de data e hora e executa algum comando (normalmente os arquivos .py são verificados e primeiro deles é usado como um argumento para python para uma execução de teste).
Não há nenhum problema ao usar o emacs ou wingide, mas quando eu uso o vim para alterar um dos arquivos sob observação, o utilitário python sai porque os arquivos que o timestamp tenta verificar não existem.