O melhor que eu gosto é Meld
Existem muitas opções disponíveis. Como um fã do vim eu me encontro usando o vimdiff, kompare para o público do kde - há também algumas versões pagas que possuem versões do linux como Beyond Compare . Os prós / contras dependem do que você está procurando / procurando fazer.
O vimdiff é ótimo porque você pode executá-lo a partir de um terminal, através de uma conexão ssh, e se você já usa o vim, você pode manter suas opções de ferramentas / configurações.
O Meld tem uma interface de usuário bastante limpa e faz três modos e diretórios. Você terá que experimentar um casal e ver qual é o trabalho que você espera que eles façam para suas próprias necessidades.
Para instalar Meld das repos do Ubuntu, você pode executar:
sudo apt-get install meld
Você pode escolher os arquivos / pastas para comparar e compará-los: