Esta pode não ser a melhor resposta, mas se você "não quiser que os pacotes modifiquem arquivos específicos", você pode tornar esses arquivos imutáveis usando chattr -i <filelist>
. Então, se eu fosse você, eu consideraria:
find /etc/init.d /boot -type f -exec chattr +i "{}" +
Depois de terminar, altere +i
para -i
(ou continue assim até precisar modificar os arquivos). Esta operação define / redefine o bit "imutável", que é um atributo estendido especial específico para o Linux. Contanto que o bit esteja definido, o arquivo não pode ser modificado ou excluído.