Primeiro, crie uma senha para seu usuário para evitar o uso de scripts:
mysql_config_editor set --login-path=local --host=localhost --user=user --password # you will be asked for the password.
Então, de um script ou terminal, use algo assim:
mysql --login-path=local --database=X -e "update Y set column Z='abc';"
Ou você pode usar a maneira insegura:
mysql --user=user --password=pass --host=localhost --database=X -e "update Y set column Z='abc';"