Na verdade, é muito simples, as informações de posição da janela de visualização da janela são relativas à viewport atual.
Então, apenas digite xwininfo
e selecione uma janela.
Agora, mude a viewport e digite xwininfo -id 0x...
(0x ... é o id que você coletou para a janela), os valores de posição serão mostrados como fora dos limites atuais da viewport, com valores relativos baseados na viewport atual como:
Absolute upper-left X: -1270
Absolute upper-left Y: 62
Com base nisso, é possível determinar onde a janela está.
Neste caso eu estava na viewport 1 e na janela na viewport 0.