Os scripts init.d não são executados no login, por isso é normal que ele não seja executado se você fizer logout e login. Eles só são executados na inicialização ou ao alterar os níveis de execução.
/etc/init.d é o lugar certo se as configurações forem globais (compartilhadas entre todos os usuários) e precisarem ser executadas apenas na inicialização.
Para tarefas simples, você pode, em vez disso, adicionar os comandos ao /etc/rc.local, que não usa o ciclo de vida start / stop de /etc/init.d scripts.
Se as configurações devem ser aplicadas somente a um determinado usuário ou aplicadas a cada login, o local correto é o profile relevante para o seu shell ( ~/.profile , ~/.bash_profile , ~/.bashrc , ...) ou, provavelmente, mais adequado se estiver executando um ambiente de área de trabalho, nos programas de inicialização de sessão (cada ambiente de área de trabalho define esses de maneira própria, mas eles serão encontrados em algum lugar nas configurações do sistema).