Digamos que você esteja trabalhando com diretórios, denominados 'src' e 'dest', para a origem e o destino de sua cópia, respectivamente. Você pode usar o seguinte canal de comando para eliminar os arquivos de destino que não estão presentes na fonte:
find src/* dest/* |cut -d'/' -f2- |sort |uniq -u |xargs printf "dest/%s\n" |xargs rm -f
Tenha em atenção que isto só funciona se os nomes dos seus ficheiros não contiverem espaço em branco ou \'"
.