Eu resolvi o problema.
O problema é que o /etc/xdg/autostart/gmd-applet-3.py.desktop
executa um script python2, enquanto o padrão python no Arch é python 3.
Eu modifiquei a linha EXEC no arquivo .desktop de:
Exec=/usr/share/gnome-manual-duplex/gmd-applet-3.py run-in-tray
para
Exec=python2 /usr/share/gnome-manual-duplex/gmd-applet-3.py run-in-tray
e funcionou perfeitamente.