Se isso é realmente tudo o que você precisa, basta fazer
mkdir $(paste letters.txt numbers.txt | tr -d '\t')
Isso criará os diretórios para você. Quanto ao caso geral no bash, isso geralmente é feito de maneira semelhante:
paste letters.txt numbers.txt | while read let num; do
mkdir "${let}${num}"
done
Para responder à sua pergunta específica, não é possível executar um loop for
com mais de uma variável no bash, mas normalmente há maneiras de contornar isso, como você pode ver. O mais próximo que você pode conseguir é usar matrizes. Por exemplo:
let=( $(cat letters.txt) )
num=( $(cat numbers.txt) )
for((i=0;i<${#let[@]};i++)); do
mkdir "${let[$i]}${num[$i]}"
done