ssl trabalha com arquivos lá com cpanel Cert chave ca
como o httpd.conf
SSLCertificateFile /var/cpanel/ssl/installed/certs/xnh_com_d98c5_67ca3_150707$
SSLCertificateKeyFile /var/cpanel/ssl/installed/keys/d98c5_67ca3_76c14a301e0260891bbe91504$
SSLCACertificateFile /var/cpanel/ssl/installed/cabundles/cPanel_Inc__681917b
na configuração do nginx
ssl_certificate /etc/nginx/ssl/server.crt;
ssl_certificate_key /etc/nginx/ssl/server.key;
O arquivo-chave usa-o da mesma forma para /etc/nginx/ssl/server.key por outro crt digite esse comando
cat example.crt example.ca >> /etc/nginx/ssl/server.crt