Eu investiguei esse tópico desde que fiz minha pergunta e descobri que os intervalos de sub-GIDs / sub-UIDs são de fato usados como grupo de arquivos / proprietário para os arquivos. Não há metadados adicionais (a menos que você esteja usando o SELinux ou afins), o que é relevante para isso.
Lembre-se também de que as ACLs talvez precisem ser modificadas se você usar as ACLs.