Esta é realmente uma questão de janela, dado que tem mais a ver com as habilidades do Notepad ++, se houver, para manter qualquer backup de arquivos que você está trabalhando. Lamento dizer que, se você tiver substituído o arquivo usando um cliente FTP, ele estará no lado do CentOS.
Você só tem a opção de ser, se tiver a sorte de ter a configuração do Notepad ++ para manter os backups para você. Parece ter algumas facilidades em torno disso. Este Super Usuário Q & A intitulado: O Notepad ++ faz backup de arquivos pré-editados em qualquer lugar? pode lhe oferecer algumas dicas sobre como recuperar este arquivo, se o Notepad ++ o tiver guardado para você. Mas você está essencialmente sem sorte.
Vá para: Configurações - > Preferências - > Backup