Isso depende de como você está se referindo às partições em todo o sistema. Dois locais-chave são /etc/fstab e configuração do bootloader. Se você verificar que eles estão usando UUIDs para as partições afetadas (ou seja, qualquer coisa acima de sda6 ), tudo estará bem.
Como alternativa, você pode usar um particionador diferente - ou seja, um que não renomeie as partições, a menos que seja explicitamente instruído a fazê-lo. IIRC fdisk é um desses. E não tenho certeza se a renumeração não acontece automaticamente ao usar o GPT.