O FreeBSD 10 vem com o utilitário pkg
que permite que você faça exatamente isso:
pkg autoremove
Veja pkg help
para a lista completa dos comandos pkg
.
Você provavelmente precisará limpar a porta após a falha na construção também. Você pode fazer assim:
cd /usr/ports/x11/gnome2
make clean
Sobre sua segunda pergunta: sim, há um caminho. Você deve excluir os pacotes que exigem essas dependências e, em seguida, executar pkg autoremove
, ele fará o resto.