Como minha resposta anterior foi excluída e convertida em um comentário, que não posso editar nem adicionar um novo, informações adicionais:
Eu não acho que você pode fazer isso apenas com zenity. O zenity teria que encaminhar as informações sobre esses eventos de janela, o que não é feito para redimensionar e minimizar / maximizar. Você basicamente teria que implementar o manipulador de eventos em um loop feio que itera sobre o estado da sua janela. Se você fizer isso, provavelmente seria mais fácil escrever seu próprio QT / QML / qualquer aplicativo para isso.
O wmctrl pode fazer o redimensionamento e minimizar / maximizar, mas você teria que capturar os eventos para ativá-lo. devilspie pode pegar esses eventos, mas isso seria bem legal.
Você pode elaborar um pouco sobre o caso de uso geral? Por que não simplesmente fixar sua janela em uma posição fixa e adicionar um botão a ela que minimize a caixa de diálogo zenity, que você pode então manipular dentro de seu script via wmctrl e retornar os valores da chamada zenity?