O problema é que os scripts são executados em ordem alfabética (como você afirmou acima, o problema é que ambos começam com S20 ) - então S20amqp-receive é executado antes de S20rabbitmq-server . Estou com você, algo deu errado ao executar update-rc.d . Talvez apenas execute update-rc.d amqp-receive defaults novamente.
Outra solução poderia ser renomear (manualmente) S20amqp-receive para S21amqp-receive . Então este script será executado depois dos que começam com S20 .
Observação: seria melhor tentar corrigir as dependências.