Estou usando o oracle java para ambos (verificado verificando qual versão do processo de execução java estava usando). Eu uso uma placa gráfica nvidia. Estou usando os drivers beta mais recentes para o Linux.
Este é um problema em 3 computadores diferentes com diferentes tipos de linux (todos baseados em Debian ... Ubuntu, Xubuntu, Lubuntu e Mint) e diferentes placas de vídeo. Não é terrível, mas é bastante perceptível. Eu me lembro de 3 ou 4 anos atrás, quando eu notei pela primeira vez.
EDITAR: Depois de tirar screenshots e comparar as imagens em cada sistema operacional, o jogo não é mais escuro ou mais claro. Deve haver algum tipo de perfil de cores no linux, porque é mais escuro do que deveria ser muito. Na configuração mal-humorada, sua distância de visualização é de apenas 3 a 5 blocos, mas infelizmente esse aspecto não é capturado pela captura de tela.