Você pode simplesmente copiar os arquivos do seu diretório pessoal. Você deve incluir arquivos ocultos: a maioria dos arquivos de configuração são arquivos ocultos ou em diretórios ocultos.
A instalação do software no nível do sistema é independente dos arquivos de configuração do usuário. Você pode fazer a instalação do software e a restauração da configuração do usuário em qualquer ordem.
Certifique-se de preservar as permissões de arquivo. Você pode usar
cp -a /media/usb1/home/newbie/ ~/
ou
rsync -a /media/usb1/home/newbie/ ~/